Der grösste Teil der historischen Druckschriften vom 15. bis zum 19. Jahrhundert im Besitz der Zentralbibliothek ist Eigentum der Burgergemeinde Bern. Im Rahmen einer Leistungsvereinbarung hat diese die Universitätsbibliothek mit der administrativen, konservatorischen, bibliothekarischen und vermittelnden Bearbeitung der Bestände beauftragt. Ebenso unterstützt die Burgergemeinde die Bernensia-Sammeltätigkeit und das Erstellen der Kantonsbibliografie. Zur Wahrnehmung dieser Aufgaben wurde 2008 die Abteilung Zentrum Historische Bestände gegründet.
Neben den bedeutenderen Sondersammlungen findet sich eine Reihe weniger bekannter Sammlungen im Bestand. Bei einem Gesamtbestand von derzeit circa 2,2 Millionen Medien sind rund 252'000 Titel (11,5%) dem historischen Bestand zuzurechnen. Davon betreffen rund 30'500 Titel vor 1900 gedruckte Karten. Allein aus dem 15. Jahrhundert besitzt die Zentralbibliothek circa 470 Inkunabeln. Circa 12'000 Titel (5 %) entfallen auf das 16. Jahrhundert, etwa 16'000 Titel (6,5 %) auf das 17. Jahrhundert und rund 42'000 Titel (16,5 %) auf das 18. Jahrhundert. Den grössten Anteil nimmt mit etwa 182'000 Titeln (72 %) erwartungsgemäss das 19. Jahrhundert ein. Damit bestätigt sich, dass die Zentralbibliothek, deren Anfänge auf die Reformation von 1528 zurückgehen, zu den bedeutenderen Schweizer Bibliotheken mit historischen Druckbeständen gehört.

Im Lesesaal UG der Zentralbibliothek (Signatur: LS Buch-136 Hand) ist das ganze "Handbuch der historischen Buchbestände in der Schweiz" einsehbar. Die Online-Version wird voraussichtlich ab 2014 wieder zur Verfügung stehen.